Mặc dù probiotics thường an toàn và hỗ trợ tiêu hóa, miễn dịch, chúng có thể gây ra một số tác dụng phụ như rối loạn tiêu hóa, phản ứng histamine, đau đầu, nhiễm trùng ở người suy giảm miễn dịch, dị ứng cũng như nguy cơ truyền gen kháng kháng sinh. Việc lựa chọn sản phẩm uy tín và tham khảo chuyên gia y tế là cần thiết.